Batman: Arkham Origins bevat een uitgebreid Gotham City en introduceert een originele prequel-verhaallijn die zich enkele jaren voor de gebeurtenissen van Batman: Arkham Asylum en Batman: Arkham City afspeelt.

De game speelt zich af voordat de meest gevaarlijke schurken en huurmoordenaars van Gotham City opkomen, en toont een jonge, ongetemde, onbewerkte Batman terwijl hij een bepalend moment in zijn vroege carrière als misdaadbestrijder onder ogen ziet dat zijn pad naar het worden van de Dark Knight bepaalt. Terwijl het verhaal zich ontvouwt, getuige van identiteiten die worden gevormd en sleutelrelaties die worden gesmeed.