Voor het eerst in de Arkham-serie neem je de rol aan van de psychotische handlanger van de Joker, Harley Quinn, en zaai je chaos binnen het Blüdhaven Politiebureau terwijl je je een weg baant naar een vriend die heel hard hulp nodig heeft. Met deze exclusieve Story Pack ervaar je de gebeurtenissen die leiden naar Arkham Knight terwijl je Blüdhaven infiltreert om je partner in crime: Poison Ivy te redden. Met een honkbalbat in de hand, lok je nietsvermoedende vijanden met de ‘Jack-in-the-box’, verstrengel je ze met je ‘Snare Trap’ of ontketen je de ‘Mayhem Mode’ om Harley’s verwoestend chaotische natuur van dichtbij te ervaren.

De gebeurtenissen vinden plaats vóór de gebeurtenissen van Batman: Arkham Knight, wanneer Harley Quinn het overwoekerde Blüdhaven Politiebureau binnenbreekt om Poison Ivy te rekruteren als onderdeel van Scarecrow's plan om de Batman te vernietigen. Ze doorzoekt het gebouw met de hulp van de Penguin om de locatie van Ivy's cel te achterhalen. Na het uitschakelen van talloze agenten, vindt ze een computer met bewakingscamera beelden en ontdekt ze dat Ivy zich in de kelder bevindt.

Harley maakt zich op weg naar de kelder met een lift, maar wordt plotseling tegengehouden door de overgebleven agenten. Ze verlaat de lift aan de bovenkant en ontdekt dat de kelder wordt beschermd door meer agenten. Door Ivy's planten te irriteren zodat ze de agenten opslokken, weet ze de kelder veilig te stellen en verder te gaan. Uiteindelijk vindt ze Ivy, maar wordt tegengehouden door Nightwing. Na het ontwijken van zijn aanvallen verslaat ze hem en wordt hij meegenomen door Ivy's planten. Het paar vertrekt vervolgens naar Gotham City om Scarecrow te ontmoeten.